在欧洲德国一片森林的深处，鸿上基金会的研究小组解开了一个封印，八百年前，炼金术师在这里创造出了拥有神奇力量的金币，由于金币力量太大而被封印在这里，为了得到金币，研究小组根据鸿上会长的指挥打开了炼金术师封印的遗迹，谁知封印打开后欧洲森林和东京新宿突然对调，心中充满愿望和野心的钢之炼金术师盖拉复活，她四处搜寻核心硬币，企图终结现有世界，成为新世界的主宰。

　　盖拉夺取人们的欲望，这种力量让很多地方发生时间、空间错乱，有的地方回到恐龙时代，有的回到江户时代，映司、比奈和现代少年骏一起穿越时空到了江户时代，他们和德川八代将军吉宗联手，与盖拉对抗，希望挽救即将终结的世界。