克隆战争的全面爆发让帕尔帕丁议长在共和国几乎拥有了至高无上的权力，而在他的“领导”下，共和国也越来越深的陷入战争的泥潭……一批又一批装备精良的克隆人战士奔赴各个星球，与分裂组织的机器人部队展开激战。克隆战士的成长方式如同种植，而生命的价值也恰似草芥，整个宇宙，已经在战火中变得麻木。尽管大师尤达对战争还保持着一丝清醒，但更多绝地武士都在忠诚履行各自保卫共和国的职责，他们施展功力，奋勇战斗，将“以暴制暴”发挥到了极致。

　　悄悄经历了新婚之喜的阿纳金·天行者与一直关心并担心他的师傅欧比旺·克诺比也投身于这场战争之中。然而他们的共事并不愉快，欧比旺希望阿纳金控制个人鲁莽和愤怒的情绪，可阿纳金却坚持认为欧比旺嫉妒他的能力。的确，在战场上，阿纳金机智勇敢，他的表现着实让欧比旺颇为失色。潜藏的冲突最终让师徒二人奔向不同的战场，欧比旺被派遣去攻打分裂组织的根据地，而阿纳金则在帕尔帕丁议长的怂恿下力争到了在外太空率领飞船作战的任务，这恰恰是欧比旺最不喜欢的战斗类型。

　　空战中，阿纳金感受到了强大的原力，于是他不顾师傅的阻止，追随一艘飞船并找到了那股原力的源头——一位使用两把红色光剑的高傲的女剑客。在雨中，阿纳金与女剑客展开激烈的搏斗。丧母之痛、断臂之恨以及嚣张的女剑客，这些都让阿纳金陷于愤怒的层层包围之中。红蓝交错，光剑交锋。最终，阿纳金战胜了这个强大的对手并把她扔下悬崖，但愤怒也使他向原力黑暗面更进了一步，再次感受到黑暗临近的尤达大师忧心忡忡却还是无可奈何。

　　在克隆人部队的强大攻势下，机器人军队节节败退。可就在战局发生转机之时，分裂组织中出现了一位强大的机器人将军格里佛斯，他攻无不克，战无不胜，成为绝地大师的最大敌手。他的加入使战争的主动权重新回到了分裂组织手中，帕尔帕丁议长的阴谋也更进了一步……