清乾隆年间，江南武林红花会总舵主于万亭带同四当家(奔雷手)文泰来夜闯清廷禁宫。总舵主于万亭见过乾隆后，遭清兵毒手，死前立下遗命，由年轻义子陈家洛接任总舵主之位，红花会上下准备最隆重的接任大礼(千里接龙头)。

　　隐身于陕西扶风延绥镇总兵李可秀家为西宾的武当派名宿陆菲青，随主人新迁浙江水陆提督前往江南的途中，遇上参加(千里接龙头)仪式，却被朝廷鹰爪困在三道沟客栈，被红花会四当家文泰来等相救，将他们荐至西北武林英雄周仲英处避难。

　　适逢周仲英外出，张召重为首的朝廷鹰爪尾随前来，周仲英之幼子不慎透露出文泰来等人藏身之处，激战之余，文泰来被捕，骆冰与红花会坐十四把交椅的余鱼同逃出。周仲英外出归来，恼怒异常，红花会众英雄赶来铁胆庄，因误以为文泰来被出卖，双方交手，混战一场。红花会新任总舵主陈家洛赶来以百花错拳胜周仲英，后得知周仲英之子只有十岁，才知错怪对方，握手言和。

　　为救文泰来，众英雄堵截镖行车队与为抢回圣物的一部落相遇，陈家洛出手相救，与人称翠羽黄衫的族长之女霍青桐彼此惺惺相惜，并肩作战，几经波折，终于为霍青桐取回圣物。

　　李沅芷女扮男装前来助战，与霍青桐欢笑戏闹，陈家洛遂生怀疑，以为霍青桐心有所许，霍青桐知陈家洛误会，一时间难解释明白，告辞而归，临行前将自己珍藏的一把短剑赠送给陈，并言其中隐藏着一个大秘密。

　　在开封，为救因黄河决口而受灾的难民，徐天宏设计与众英雄一同抢了清朝大军的粮饷，发给百姓。陈家洛游西湖之时，与自称东方耳的乾隆相识，陈遂请东方耳与其共游西湖。后双方比武，御前侍卫龙骏暗器输于红花会三当家千手如来赵半山，诸圆、白振为红花会二当家无法道长的剑术击败，乾隆恼羞成怒，叫来大军，岂料杭州是红花会的根据地，人数众多，连军营中许多人都是红花会成员，乾隆只好悻悻而归。

　　陈家洛得空回老家祭扫父母之坟，却意外遇见在这里偷偷扫墓的乾隆，乾隆再三请陈家洛放弃江湖生涯，入朝为官，陈断然拒绝，双方约定互不伤害。

　　陈家洛与文泰来见，从文泰来处得知乾隆是自己的亲哥哥，物证在陈家洛的师父天池怪侠那里之时，张召重返回，二人出奇不意，点中穴位，将其击倒，文泰来遂假扮张召重而出，被李可秀识破，陈家洛只好独身而返。

　　徐天宏设(卞庄刺虎)之计，让王维扬与张召重比武，张召重因前一天受挫于陈家洛、文泰来二人，比武失手，败后用计重伤王维扬，欲将之活埋。陈家洛率众豪杰赶至，将其活捉，此时陆菲青与其师兄、武当派掌门人马真赶来，马真向众人求情，并保证不容张召重再为非作歹，最后将张召重带走。

　　强敌一去，众人再攻提督府，李可秀及御前侍卫欲用炸药将众人一网打尽，藏身于李府中的金笛秀才余鱼同奋不顾身，以身体阻住火药线，救出文泰来及众人，自己却被烧伤，面目皆坏。

　　陈家洛等一不做二不休，又借(花船点状元)之机，设计使名妓玉如意将乾隆引至家中捉住，囚在六和塔中，软硬兼施，情威并用，与乾隆一同订下驱清复明的大计。只有赶来刺杀乾隆的天山双鹰夫妻二人决不相信皇帝，不参加盟誓。

为反清复明，众人四散联络人手。余鱼同为避李沅坐船独行，遇上关东三魔及仇人言伯干等，几次遇险，仗机警逃出，亏得李沅芷假扮他引开众人，才得脱险。他为情所苦，自觉对不住结义兄弟文泰来，又负李沅芷一片痴情，遂于宝相寺出家为僧。

　　陈家洛为送信，单骑匹马赶往西疆，途中遇见人称香香公主未知是霍青桐之妹，为其美丽所吸引，香香公主也爱上了陈家洛。二人赶至部落，适逢清廷征西大将军丁兆惠派使来下战书，陈家洛力折使者；香香公主自告奋勇，前往清军中下战书。

　　霍青桐识破清军阴谋，欲以其人之道还治其人之身，却被父兄和部所疑，忍辱负重，调兵遗将，终于大败清军。

　　胜后，霍青桐带病出走，途遇关东三魔，险遭污辱，幸得师父天山双鹰赶到救出。陈家洛此时方知李沅芷女扮男装，后悔自己辜负了霍青桐的一片芳心，与香香公主一同追赶，途中先后遇见狼群和张召重、关东三鹰、霍青桐，众人为抗恶狼暂时联手。陈家洛用霍青桐赠送他的短剑杀狼时，碰巧解开了其中的秘密，遂和霍青桐、香香公主逃出狼群，躲入迷城古洞，并得了一套奇高的武功。

　　陈家洛师父袁士霄为消灭群狼，设置一土城，用牛、马等将狼群引入城中。陈家洛用新学武功打败张召重，将其投入狼群之中。其间余鱼同得知师父马真被张召重所害，脱下袈裟誓为师父报仇，李沅芷借其报仇心切，设计陆菲青从中撮合，二人终于订下终身。

　　陈家洛从师父处取得有关乾隆身世的秘证，南下福建少林寺，欲了解义父被逐出少林的原因，经过连场比试，凭借武功与机智，弄清了全部事实真相。

　　香香公主被拭擒，乾隆欲据为已有，陈家洛与乾隆相见，以国家利益为重，答应帮助劝说香香公主；香香公主含泪答应了陈家洛，后发现乾隆并不真想反清复明，遂自杀示警，陈家洛伤心之余，抱着最后一线希望进入皇宫，险被毒死。众英雄大开杀戒，天山双鹰与红花会十当家章进身亡，最后捉住乾隆。

　　霍青桐正欲杀之为父、兄、妹及族人报仇时，安徽巡抚方有德突然抱婴儿出现。原来他与侍卫火烧福建少林寺抢得周绮之子来京向乾隆报功。他以婴儿性命相威胁，众人不忍见婴儿死于非命，遂放弃杀乾隆之念，活捉乾隆之私生子福康安出宫，迫使乾隆不与红花会为难。

　　众人赶至香香公主之坟，打开后只见一滩碧血，香香公主的尸体已化作一缕香魂，陈家洛挥毫题上(香冢)二字，并作铭(浩浩愁，茫茫劫，短歌终，明月缺。郁郁佳城，中有碧血。碧亦有时尽，血亦有时灭，一缕香魂无断绝！是耶非耶？化为蝴蝶。)，而后凄然而去，与红花会众英雄前往西疆栖身。