《双子神偷》的故事由佛家至宝“贡佛天珠”展开。吉祥(洪金宝饰)、刘曦(吴京饰)护送贡佛天珠来港途中被四名武功高强的人物抢走。最令人感到惊讶的是四人面貌竟如同二人出现，因这四名怪客竟同是孪生兄弟。双子门的奇门武术早于数十年前令人闻风丧胆，源起武术宗派渐渐演变成怪异组职，有说是正，有说亦邪。双子门是一班双生儿利用本身心灵相通，练就一些特异武术，且能利用样貌相似而制造劫案不在场证据，掩人耳目等特质作案的集团，多年前曾活跃一时，近年已销声匿迹。为了这一颗神物贡佛天珠，他们重现江湖。于是，刘曦找来昔日训练双子门的校长常忠(元华饰)和其他兄弟姊妹来协助寻回天珠，来一个正邪对决，双子门力拼双子门。本来，常忠早已退休，而珍珠(蔡卓妍饰)、宝珠(钟欣桐饰)早已是马戏团中享负盛名的空中飞人，其余的Marco、Polo；阿猫、阿狗在杂耍界也薄有名气。他们很快便查得天珠下落，可是，却惹来死敌突如其来的袭击。虽然他们化险为夷，可惜天珠得而复失，再次落在邪恶的双子门手中。原来，常勇是常忠的双生弟弟，他讹称天珠能治绝症来骗取心急为妹妹治病的女富商李瑶(张茜饰)。珍珠、宝珍等人不惜身陷险境，终于，查得天珠藏于常勇的大本营，而常勇更胁持李瑶的妹妹Happy作人质。最后，他们各尽所长，成功夺回天珠，还救回Happy的生命。