明朝嘉靖年间，日本倭寇大肆进犯我东南沿海江苏、浙江、福建一带，疯狂烧杀掳掠，百姓陷入水火之中。嘉靖皇帝几次派官兵围剿，皆因官员腐败，贪生怕死，屡战屡败，使得倭寇更加肆意妄为。梦想成为中原武林盟主的九如法王，一边为朝中佞臣严嵩排除异己，一边暗中勾结倭寇肥原一郎和东海海盗汪元正，企图利用倭寇和海盗的力量侵蚀朝廷实力，达到严嵩篡政夺权、自己一统江湖的目的。

时任江浙总督张经、巡抚朱纨，应广大百姓呼声，组织守军民众，奋起反抗倭寇入侵，沉重打击了倭寇的嚣张气焰，大长了国人志气。严嵩对此怀恨在心，设毒计将张经、朱纨革职押回京城待斩。张经之女张若娴和朱纨之子朱铁桥历尽千辛万苦潜入京城，准备劫法场。江湖武林高手、神雕侠侣的后人杨天纵和郭问梅，出于对两位抗倭忠臣的崇敬和对严嵩乱党的义愤，秘密跟到京城，路上他们还结识了老顽童的后人疯丐老五、少林高僧的弟子向心僧，几侠共赴京城，打算在行刑当日救下张经、朱纨。老奸巨猾的严嵩料到这一步，在法场四周布下重兵，企图将主张抗倭的民间英雄一网打尽。

行刑当日，几侠协同张若娴、朱铁桥，同乱党展开了一场生死搏斗。杨天纵另辟蹊径去皇宫掳来了嘉靖皇帝，千钧一发之际扭转了危局。张经、朱纨二人被救出后得知劫法场真相，自责让圣上受辱、无颜苟活下去，双双壮烈自刎。张若娴、朱铁桥悲愤不已。在这次行动中，江湖侠士杨天纵、郭问梅和将门之后张若娴、朱铁桥结下了生死情谊，然而朱铁桥打击之下认为父亲的死与杨天纵掳皇帝有关，为日后留下嫌隙。之后张若娴对杨天纵逐渐产生倾慕之情，更引起青梅竹马的朱铁桥的嫉妒。杨天纵却钟情于外冷内热的峨眉女侠郭问梅。郭问梅一直对天纵心存爱慕，却由于不食人间烟火的性格，不善表达。

安葬了张、朱两位大人后，几个年轻人为以后的打算意见不统。朱铁桥报仇心切，执意刺杀严嵩，杨天纵则想做回无拘无束仗剑独行的游侠。郭问梅担心张、朱二人势单力薄，留下协助。杨天纵虽然离开，但一路思念郭问梅，终于以保护张经后人的名义回到队伍中。

严嵩明白害死张经、朱纨后，张、朱两家的后人绝不会善罢甘休，又见几侠武艺惊人想收罗麾下。因此设下陷阱，引几侠中性格最薄弱的朱铁桥上钩。朱铁桥在街上偶遇同乡李佐，得知李佐在严嵩府上当差，便说服李佐帮助刺杀严嵩，李佐成功将朱铁桥带入严府，不料发现严嵩在声泪俱下地祭拜张经、朱纨，并痛陈昏君误国。

朱铁桥被严嵩演的这场戏蒙蔽了双眼，更被严嵩洗脑、认为自己真正的仇人是嘉靖皇帝。朱铁桥信了严嵩推翻朝廷才能为父报仇的话，死心塌地的投靠了严嵩，成为几侠中的内奸。

几侠不知真相、从严府救出朱铁桥。在逃离京城的路上，几侠发现乐清城有倭寇入侵，前去杀倭寇。杀倭寇时救下了化装成百姓伏击倭寇的抗倭名将戚继光。此后，几侠与戚继光紧密配合，利用武功优势，保护戚继光安全、为戚继光打探情报等等，开始了轰轰烈烈的抗倭军旅生涯。

疯丐老五与九如法王的徒弟金刀仙子交手频繁，喜欢上金刀仙子，并让杨天纵答应自己，若金刀仙子落到我方手里，需交由自己处置，杨天纵答应。谁知金刀此时刺杀戚继光被俘获，众将士一致要求处死金刀，杨天纵于是不惜与戚家军剑拔弩张，都要保护金刀仙子。戚继光看到杨天纵为朋友两肋插刀的义气，暗中为几侠救走金刀开绿灯。此后，戚继光与杨天纵形成了惺惺相惜的默契。

朱铁桥越陷越深，最终相信只有联合倭寇和海盗、共同推翻大明王朝，才能为自己报仇、为百姓造福。成为倭寇奸细。

台州收复战中，几侠兵分两路，郭问梅和疯五到大门岛打探地形，杨天纵等则潜入台州。不料两队人马都因奸细泄密遭遇了危险，郭问梅、疯五被抓，杨天纵中了汪元正的五毒汇，命不久矣。张若娴为了给杨天纵求得解药，历尽艰辛找到了百草药王。九如法王却前来搅局，百草药王被打死。朱铁桥故意把郭问梅被抓的消息泄露给中毒的杨天纵，杨天纵不顾生死，服下让自己回光返照的鹤顶红，坚持去救郭问梅。杨天纵单挑大门岛力竭被俘，终于在大门岛狱中对郭问梅袒露心事，两情相悦。

戚继光怀疑军中有内奸，对外称攻打陈屿岛、实际暗中计划攻打大门岛倭寇老巢，顺便营救杨天纵、郭问梅。不料大门岛上九如法王用上汪元正调配的王毒，欲置全部官兵于死地。关键时刻杨天纵挺身而出，把王毒的扩散方向掉转，自己却因此再中一层剧毒。杨天纵当着众人的面中毒昏迷，跌落在地上，几侠悲痛欲绝，戚继光忍痛拦下几侠，带领大家撤退。

撤退到台州的几侠欲单枪匹马潜回大门岛、运回杨天纵尸体，被戚继光“以大局为重”拦下。同一时间，杨天纵因祸得福，体内的多种毒素开始以毒攻毒互相化解，杨天纵竟然奇迹般恢复。杨天纵尸体消失，金刀仙子因此受到连累。九如法王力保金刀仙子，想通过金刀仙子让汪元正为我所用。

最后的杭州之战，杨天纵和戚继光共同设计引出内奸，朱铁桥身份终于暴露。肥原一郎的叔叔、日本顶级高手肥原勋出现，与中原顶级高手、杨天纵父亲杨恕展开了巅峰对决。然而杨恕却带来晴天霹雳般的消息，郭、杨两家按祖训绝不可结为夫妻。戚家军在战役中虽处劣势，但仍因众志成城、配合默契，终于取得了最后胜利。经过这一切，杨天纵完成了个人英雄主义到侠之大者的转变，疯丐老五终于赢得金刀仙子真心，张若娴走出家破人亡的阴影，朱铁桥得到应有的惩罚、和良心谴责。郭问梅却不能违背师傅临终嘱托，回到了峨眉山，削发为尼，担当起掌门大任......