《建元风云》时间跨度长达70年，以史诗风格全景式展现元朝建立的全过程，展示元太祖忽必烈波澜壮阔的一生：公元 1215 年，忽必烈出生。此时，窝阔台的妻子脱列哥那(忽必烈三伯父的妻子）视忽必烈的父亲托雷为阻挡在她取得权利之路上的最大阻碍。随著托雷战功越来越大，脱列哥那对自己的丈夫窝阔台能否接替成吉思汗成为蒙古的大汗越来越担忧。而备受成吉思汗喜爱的忽必烈更加剧了她心中的不安。

成吉思汗死后，窝阔台继承汗位。托雷被推选任监国。一直视托雷为心腹大患的脱列哥那设计将托雷毒死，以蒙哥为首的一众兄弟要起兵为父报仇，脱列哥那顺势设下圈套，只等蒙哥他们发兵即诬陷蒙哥、忽必烈造反，就能将托雷一系斩草除根。紧急关头，冷静的忽必烈和聪慧的母亲贴尼按住大家的情绪，并和妻子察必一起顺势离开脱列哥那势力范围，韬光养晦，积攒实力。

后来，脱列哥那再施毒计害死了窝阔台，贵由坐上大汗的位置，贵由死后，蒙哥成为大汗，委以忽必烈重任。几年之后，蒙哥在一次战役中身亡，忽必烈与阿里不哥争夺汗位，最终，忽必烈打败了阿里不哥，成为草原上的真正霸主，将国号改为元，元朝自此开始。历经多年的武力与智力的淘汰，忽必烈终于扫除了所有的强敌，南北统一，成为一代帝王。