灵隐寺僧人道济济世救人、化解人间疾苦，处处弘扬佛法，惩恶扬善、尽管人间不平事，深得老百姓爱戴，被世人誉为：济公活佛。《活佛济公》第三部的主要故事仍然围绕着济公带领广亮、赵斌等人为老百姓排忧解难、点化世人展开，穿插降龙尊者降魔除妖的神话故事，以及济公活佛与地痞恶霸斗智斗勇的生动故事，将更多宣扬真善美、鞭挞假恶丑的故事，以寓教于乐的方式呈献给观众。全剧共分“天蚕变”、“胭脂情”“天鹅梦”、“红花告御状”、“木偶奇谭”“饿狼传说”“人狐恋”等8个单元故事展开。

天蚕变

天山魔君为修炼天蚕魔功，残害无辜百姓，济公带领广亮等人上山阻止魔君。魔君派蚕精雪柔去取济公性命，雪柔看见济公却爱恨交织，原来济公竟与雪柔的恋人闫涛长得一模一样，只是闫涛背叛了两人的爱情失踪多时。济公算出闫涛是被魔君杀害，并施法令雪柔听到闫涛真心爱她的言语，雪柔顿悟自己被魔君利用，与济公联手破解天蚕魔功。

天鹅梦

周家小姐红杏脾气火爆、奇丑无比，且得理不饶人，一心想要找个白马王子，更想丑小鸭变天鹅。红杏知道济公法力高深，哀求济公帮忙将自己变成美女。红杏虽如愿变美，但却无法言语，又阴差阳错嫁给潘安，引发一场悲喜剧，终于知道万事不得强求。

红花告御状

婢女红花陪主人林秀云远赴灵隐寺求药，红花与吴天良一见钟情并私定终身，天良巧语骗秀云会至苏州提亲。数月后秀云怀孕，红花带着秀云去找天良，却发现天良竟然是忠义侯的女媳，天良怕东窗事发，在茶中下毒欲毒死秀云，却阴错阳差被秀云父母喝下，天良嫁祸秀云。红花求助活佛济公帮助，济公却言斗不过忠义侯的势力，建议红花告御状，为主伸冤。

木偶奇谭

木偶戏艺人欧青山有一家传木偶，为千年金色沉香木雕刻而成，乾坤洞主为得此木偶，派出众弟子设计杀害欧青山，并嫁祸必清。青山魂魄附身于木偶中，并求活佛济公帮助，济公施法助青山向御史大人申诉冤情，青山说出真正的凶手竟然是自己的徒弟左善。

人狐恋

济公带领赵斌、白雪从“封魔洞”中救出白灵，想要通过白灵的真心唤回被乾坤洞主附身的陈亮。白灵成功救出陈亮，陈亮却被洞主打成重伤，白灵震碎内丹救陈亮，却面临化为原形的痛苦。陈亮在济公的指示下寻找天阶，历经一番磨难，陈亮的痴心与真情终感动上苍，观音菩萨助白灵变成凡人，与陈亮生死相依。

胭脂情

济公发现胭脂尚在人间，却失去记忆，并与李家公子定下婚约。成亲当晚，济公竟于众目睽睽之下抢走新娘。大鹏设法令胭脂恢复记忆，并从鬼面蜘蛛处夺来“漫天情网”，想要扰乱济公修炼。深爱济公的胭脂深明大义，支持济公为天下苍生除危解难，并助济公打退大鹏，重返仙界修行。

饿狼传说

宋家小姐婉仪爱上了半人半兽的阿狼，婉仪父亲宋克恼羞成怒，劝阻婉仪离开阿狼未果，竟对阿狼起了杀心，济公及时出现救下阿狼，并告知阿狼与婉仪是前世注定的姻缘。大鹏利用阿狼修炼移魂大法，济公开释婉仪帮助阿狼不受大鹏的控制，改邪归正。

朱罗记

朱家与罗家因为各自经营米店而成为世仇，朱家小姐朱丽月却与罗家少爷罗蜜藕相爱了，双方父母想法设法阻止两人在一起，朱父更是为女儿定下亲事。丽月与蜜藕求助活佛济公成全两人的爱情，济公设计了一出“假死计划”，不但令两家化解冤仇，更使丽月与蜜藕有情人终成眷属。