故事大致分为国共合作形成期、蜜月期、摩擦期三个段落，贯穿八年抗战整个历史时期...

　　江波　第一段落，形成期。故事从1937年七七事变以后的国际化大都市上海开始。中共地下党员江波（杜淳饰）随国民党宣子奇部移驻上海，赵一清、康瑛（阿斯茹饰）等人也潜入上海。当时的上海波谲云诡，国际国内各种政治势力都在暗中较量。日本内阁抛出华北事变不扩大方案，妄图以此为诱饵，胁迫中国政府放弃抵抗。汪精卫秘密派特使高宗武与日本特使船津辰一郎在上海密谈媾和。情报被打入日本内阁情报局的三重间谍尤佳丽（本名藤玉莲，在日本整容后的我党秘密特工 朱虹饰）获悉，她通过秘密渠道，把这个情报转给了地下党上海某情报组织负责人赵一青。赵一青让康瑛将这一重要情报报发延安。不想我秘密电台已在何昆（王鹏凯饰）、娇妮（屈菁菁饰)等国民党特务的掌握之中。康瑛发报时，与国民党特务激战，报务员牺牲。康瑛在江波、柳春桃等打入国民党内部同志掩护下脱险。何昆意外被日海军陆战队抓获。赵一青命令江波查清电台暴露原因和‘高船密谈’内幕。为防国民党上海布防机密暴露，同时设法营救何昆。江波在尤佳丽、国民党中央社记者许曼华、青帮头子杨广忠等配合下，设计巧捉日海军情报军官池田，并迫使其就范，救出了何昆，粉碎了国民党投降派与日本政府的媾和阴谋。日海军陆战队恼羞成怒，玩弄战火。八一三淞沪抗战爆发。蒋介石被迫同意中国工农红军改编为八路军，并就《中共为公布国共合作宣言》发表谈话，承认了共产党的合法性，第二次国共合作和抗日民族统一战线正式形成。

　　何昆　第二段落，蜜月期。淞沪激战，为打击共同的敌人——日本帝国主义，何昆放弃铲共。蒋介石视察前线的消息被日本特务机关井上机关侦知，井上贤二和山下珍子把这一情报密报日海军，海军决定派飞机中途截杀。尤佳丽巧妙将这一紧急情况告知何昆。蒋介石震怒，命令追查泄密者。军统上海站站长段德彰受到处分，打入军统的日本特务庄雅倩被捕，何昆代行站长职务。为消除日特对淞沪之战的威胁，军令部采纳江波方案，决定对井上机关实施“刮骨”打击。江波亲任突击队长，何昆受命协助行动。铲除井上机关，潜伏国民党内部的共产党员韩成仁等壮烈牺牲，为掩护娇妮继续留在日特机关工作，江波枪击娇妮，娇妮负伤假死，激怒何昆。后撤突围时，为掩护何昆送出重要情报，江波负重伤以至被认为死亡。柳春桃救下江波，但在国民党溃退南京途中，柳春桃为保护江波牺牲。上海沦陷，江波受命国民党军令部潜回上海组建秘密情报网，与曾是敌手的黄埔同学、国民党军统特务何昆不期而遇。为锄奸抗日，江波、何昆、尤佳丽、康瑛、丛丽、宫西中一等国共两党人员相互配合，及时获取日军情报，协助新四军挺进江南，支持了国民党武汉会战和苏联对日的张鼓峰和诺门坎战役，中国特工为世界反法西斯战争首先做出贡献。

　　第三段落，摩擦期。1939年，法西斯德国闪击波兰，第二次世界大战爆发。以江波、康瑛、尤佳丽为代表的地下党配合国际反法西斯战线，获取日本有关北进和南下以及日本偷袭珍珠港的重要情报，帮助苏联及时抽调远东部队对抗西线德国入侵。他们甚至假国民党之手将山本五十六的绝密行程转告美军，把山本五十六送下地狱。但是，他们自身却处在日特、国民党特务的双重包围中，战斗极其险恶。在如此艰难的处境下，他们凭着坚强的信念和超群的智慧，获取了大量情报，为打退国民党反共高潮，维护民族统一战线，为八路军、新四军敌后抗战不断取得胜利，建立了殊勋。而在此阶段，许多打入国民党内部的共产党员如方泽亮等英勇牺牲，宫西中一被捕。国民党娇妮殉国。故事以芷江会战作结。江波把国民党即将挑起内战的绝密情报通过康瑛带回延安，新一轮的斗争即将开始…