王三怪的“怪”：

一怪，双手来把脉；

二怪，长针扎不坏；

三怪，取穴鬼难猜！

本剧开端于北伐战争的烽火中。

主人公王怀远，是大军阀张宗昌队伍上的军医官。他出身山东中医世家，医术高超而不拘常法，尤其擅长针灸，人称“金针王三怪”。

战场上，旅长田德贵公报私仇，欲以“临阵脱逃”的罪名处死王怀远。王怀远运用自己丰富的中医知识，连哄带吓地蒙住田德贵，从魔爪下逃脱性命。

在逃亡途中，王怀远结识了北伐军营长关庆民（共产党员）、教官宋文青（国民党员）。

田德贵的女儿田麦穗，是北伐军的军医。战场上，她被父亲的副官刘丙财误抓，遭到严刑拷打，腿部严重受伤。

田德贵救下女儿后，恳请日本医生麻田抢救她的伤腿。麻田诊断认为只能截肢。关键时刻，王怀远运用中医医术，保住了田麦穗的腿。田麦穗对王怀远产生好感，两人从此结下不解之缘。

与此同时，王怀远的妻子死于战火，小姨子银杏带着他的两个儿子王百会、王世园逃难。途中为了救孩子，银杏被军阀营长侮辱，之后又遭遇瘟疫。历经劫难之后，他们终于与王怀远重逢。

六年后，新军阀韩复渠盘踞了山东。田德贵投靠韩复渠，担任独立旅旅长。

关庆民奉党组织的命令，在济南以“金石大药房”为掩护从事地下工作。田麦穗作为助手协助他开展工作。

王怀远带着银杏和两个儿子，在济南以行医为生。为了寻找家传的中医秘籍《火器医鉴》，王怀远冒死从田德贵的监狱里，救走著名土匪武装“虎旗军”的首领梁顶山。

梁鼎山看重王怀远的医术和军事能力，恳请他加入虎旗军，被王怀远拒绝。

由于日本人麻田的告密，田德贵抓走王怀远的两个儿子。梁鼎山用自己的性命换回王怀远的儿子。

王怀远被梁鼎山的义举打动，同时在关庆民的劝说下，他决定加入虎旗军，带领这支队伍走向新生。

王怀远来到虎旗军，通过巧夺军粮、智退敌兵、“画符捉鬼”等行动，赢得了弟兄们的信任。他带领队伍冲破田德贵的包围，到达鲁南的卧龙山地区，用妙计打败盘踞老鹰崮的土匪崔老黑、救下拉魂腔女演员满天红。

之后，王怀远经过努力，处理好了与满天红、银杏之间的情感纠葛，把全部精力投入到改造虎旗军的工作中。

在关庆民的启发下，王怀远率部打退官军围剿，逐步把虎旗军改造成为“保一方平安”的民间武装。

抗战爆发，王怀远在关庆民的引导下，率部参加了临沂保卫战、台儿庄大血战，协助主力部队重创日军。

卧龙山地区沦陷之后，经过一番反复，王怀远在逆境中认清了：只有共产党才是敌后抗战的中坚。在关庆民、田麦穗的帮助下，他巧夺金水城，率部加入八路军。虎旗军被改编为“猛虎支队”。

然而与此同时，他的小儿子王世园，却阴差阳错地加入了宋文青率领的国民党教导团，与父亲为敌。

在党的领导下，王怀远连施妙计，挫败金水城的日军守备队司令官麻田，迎来了抗战的胜利。

在解放战争中，王怀远率“猛虎支队”屡建奇功，并为消灭国民党五大主力之一的整编七十四师作出了重大贡献。

为了改造这支队伍，以关庆民、田麦穗为代表的共产党人，付出了巨大的心血和代价。田麦穗的右臂在战斗中负重伤、被迫截肢，但她依然坚强而乐观地面对人生、坚持革命。

田麦穗的坚毅和执着，赢得了王怀远的心，然而就在此时，田麦穗却由于王怀远小儿子王世园的告密，被担任国民党新九旅旅长的父亲田德贵俘虏。

为了救田麦穗，王怀远冒着生命危险、运用中医医术，巧施“借尸还魂”计，全歼了田德贵的部队，解救了田麦穗，自己却身负重伤。

大反攻开始了，“猛虎支队”被正式编入主力部队，开始了新的征程。

与此同时，历经血火考验的王怀远和田麦穗，终于走到了一起……