电视剧《保密局的枪声》1949年初，沪城解放前夕。中共地下党黄显才突然叛变，卧底保密局沪城站的刘啸尘铤而走险，制造车祸，保护了接头的沪城地下党负责人岳中盛和周蒲祥，自己却身受重伤，并受到保密局上下的怀疑。在保密局举行的招待会上，新任站长张仲年意外地遇到了多年不见的“老相识”高来，原来，岳中盛原名高来。岳中盛矢口否认，张仲年拿出当年岳中盛叛变自首的档案“暗香浮动”——2号，令岳中盛暗自心惊，苦思对策。在张仲年的威逼利诱下，岳中盛供出与保密局卧底人员单线联系的周蒲祥。周蒲祥被捕，并为了保护刘啸尘咬舌自尽。为摸清刘啸尘的底细，张仲年暗中指使自己的情人程菲色诱刘啸尘，同时，刘啸尘也受到原站长部下的监视，身处险境。

　　党组织派史秀英命令刘啸尘尽快拿到保密局代号为“暗香浮动”2号档案沪城破坏计划，但绝不能打开，令刘啸尘心生怀疑。时局紧张，为了保证“沪城破坏计划”的实施，张仲年宣布，由阿纪掌管钥匙，程菲掌管密码，加强了档案保密工作，刘啸尘的任务愈发艰巨了。刘啸尘屡屡接近保密局机要阿纪，不料，阿纪对他敬而远之。自到任以来，张仲年屡屡受到一个蒙面杀手的袭击，对杀手的身份，张仲年一时心存疑惑。苦于无处入手的刘啸尘，忽然接到张仲年的工作安排，冒充沪城时报记者和程菲借采访之名了解学潮的动向。两人巧遇古怪精灵的岳小姗。岳小姗对刘啸尘一见钟情，刘啸尘虽对岳小姗不乏兴趣，只是自己的身份和处境不允许多想。为排除嫌疑，刘啸尘与程菲斗智斗勇，而最令他烦恼的却是时不时冒出来的纠缠不休的岳小姗。更令他吃惊的是岳小姗的父亲竟然是岳中盛。此时的岳中盛惶惶不可终日，一方面，张仲年对他威胁利诱，另一方面，他时刻担心“暗香浮动”2号档案落入刘啸尘手中，自己有暴露的危险，而现在自己深爱的女儿竟然爱上了刘啸尘。为此，父女俩激烈冲突。

　　岳小姗遭到刘啸尘的断然拒绝，并不罢休，刘啸尘只得假装与程菲约会，气走岳小姗。在“约会”中，两个人各怀心胎，话里话外，虚虚实实。一番心智的较量几乎演变成一场智力的游戏。程菲由衷佩服刘啸尘，张仲年指示她继续考察，如果刘啸尘如果不是共党，正好可以重用。从史秀英处刘啸尘得知，程菲和男友赵均曾是张仲年特训班的门生。毕业后，程菲做张仲年的机要工作，而赵均被派到陕甘宁边区卧底，后被中共发现并打死。程菲因此深受打击，一直痛恨共产党，从此郁郁寡欢，后不知何故成了张仲年的情人。刘啸尘深知自己的处境如履薄冰，必须用非常之法才能化险为夷……岳中盛严加干涉岳小姗，更激起岳小姗的逆反心理。无奈，岳中盛告诉女儿刘啸尘是保密局的特务，令小姗震惊。她找到刘啸尘追问，刘啸尘一口承认，狠心将她赶走。刘啸尘深知，任何一丝的纰漏都可能暴露自己的身份。蒙面人再次发动袭击，却陷入张仲年的埋伏，被击伤后逃逸，而暴露出的被毁容的脸似曾相识，令张仲年诧异，当即吩咐手下暗中查访。

　　刺杀再次失败，岳中盛十分沮丧，原来蒙面人---冯宾正是他派出的杀手，为了自己叛变的秘密不外泄，岳中盛决心杀了张仲年。岳中盛是冯宾的救命恩人，而蹊跷的是冯宾偏巧认识张仲年，而且有仇，其中原因岳中盛也不得而知。刘啸尘接近阿纪，却“巧遇”程菲。两个人又不免一番斗智，谈到感情，刘啸尘说出拒绝岳小姗的原因，激起程菲的同感，她不由说起过去的男友赵均。刘啸尘决定从程菲的脆弱处入手……程菲刚感受到与刘啸尘交往的愉悦，后者突然故意回避，令她迷惑，忍不住质问刘啸尘为什么。刘啸尘“无奈”说出她和张仲年的情人关系。程菲只得坦白，原来，赵均死后，她几次想自杀，都是张仲年救了自己，为了报答她所崇敬的老师，终于做了他的情人。对此，刘啸尘深表“同情”。深知自身难保的岳中盛决定送女儿去香港，脱离险境。对刘啸尘失望的岳小姗只好遵从。然而，在船离岸的一刻，岳小姗逃了。

　　刘啸尘突然接到命令，与邢老三、杨玉林等秘密抓捕学潮积极分子，被岳小姗目睹，岳小姗对刘啸尘彻底绝望，甚至憎恨无比。这天，赵均“无意间”遇见程菲，令后者惊喜交加。原来赵均就是冯宾。赵均告诉她，自己在卧底时被中共发现，追杀中被弹药毁容，无脸再见她，这些年隐姓埋名。程菲痛苦万分，自己已是张仲年情人，如今旧恋人突然出现，自己该何去何从？刘啸尘发现两人的秘密，当面揭穿冯宾就是赵均，而且是杀张仲年的蒙面人，但又表示不会出卖程菲，令其十分感激。在岳小姗的鼓动下，几个青年学生突袭市政府调查处，混乱之中，刘啸尘放走了岳小姗等，被程菲识破。程菲并没有出卖他，似乎是为了报答刘啸尘。刘啸尘的行为使岳小姗认为他并不是坏人，甚至劝刘啸尘弃暗投明，她的“纠缠”再次给刘啸尘带来危机。杨玉林认出了岳小姗正是袭击保密局的学生之一，张仲年对刘啸尘疑虑重重。

　　经过深思熟虑，赵均将真相告知程菲。原来，他是被张仲年所陷害。当年赵均被人诬陷投靠共党，为了程菲，与张仲年达成交易，张仲年设法保护程菲，赵均诈死，并毁容，隐姓埋名。程菲得知残酷的“真相”，几乎崩溃，没想到自己崇敬的老师居然是个伪君子。张仲年再次安排刘啸尘执行任务，直到现场，刘啸尘才得知被伏击的竟然是岳小姗，无疑，这是张仲年在考验自己。巨大的心理压力下，刘啸尘一枪命中岳小姗“心脏”。这暂时减轻了张仲年对他的怀疑，而杨玉林对此却困惑不解。在史秀英的帮助下，岳小姗被救，原来，岳小姗的心脏长在右边，这是刘啸尘过去与岳小姗对话中偶然得知的……岳中盛极力说服爱女离开沪城，而岳小姗坚决不从，在她心里刘啸尘比她的生命更加重要。赵均让程菲设法拿到“暗香浮动”2号档案，程菲犹豫再三，答应了！赵均与岳中盛已达成交易，赵均将档案给岳中盛，岳中盛重金酬谢赵均，并安排他远走高飞。

　　保密局里，众人对岳小姗是否已死意见不一，张仲年命杨玉林找到岳小姗。程菲拿到“暗香浮动”2号档案，交给了赵均。不料赵均早已脚踏两只船，同时又与杨玉林交易，被张仲年率人包围。为活命，赵均正想供出自己的幕后指使人，却被暗中躲藏的岳中盛击毙。事情败露，程菲大骂张仲年欺骗自己。张仲年却声称骗人的是赵均，甚至拿出破获的共党秘密文件证明赵均确实叛变投敌。程菲几乎崩溃，试图自杀，被张仲年阻止。程菲最终相信了这另外一个“真相”。从程菲口中得知“暗香浮动”2号被赵均称做所谓的“沪城破坏计划”，张仲年困惑不解，因为这其实是中共地下党某一叛徒的资料。赵均的幕后指使人究竟是谁？张仲年百思不得其解。张仲年怀疑刘啸尘在执行任务前已确知岳小姗的心脏长在右边，而且岳小姗可能是岳中盛的女儿。张仲年前往岳中盛家试探，岳中盛矢口否认，两个人各怀心思，结果不了了之。

　　张仲年疑虑未消，命手下秘密监视岳中盛，全城搜捕岳小姗。岳中盛暗中安排岳小姗紧急逃离沪城。不料，功亏一篑，在上船前被迫放弃，不得已，史秀英将岳小姗转移至刘啸尘的住处---最危险的地方也许是最安全的。同居一室，面对岳小姗，刘啸尘极力压抑着内心的情感。为了不暴露刘啸尘，史秀英决定再次转移岳小姗，小姗却失踪了。原来，岳小姗坚决必须在走之前见刘啸尘一面，不巧的是，小姗正撞见刘啸尘和程菲在一起，从刘啸尘的话中，小姗感受到啸尘对自己的爱。张仲年再次拜访岳中盛，后者仍否认岳小姗是自己的女儿。周旋之际，两人的密谈被回家的岳小姗听了个一清二楚。亲爱的父亲是中共地下党，而且已经叛变，岳小姗如雷轰顶，惊动了岳中盛和张仲年。岳小姗被捕，拒绝交代一切。张仲年震怒，无奈之下，岳中盛供出赵均是自己所指使，双方达成交易，张仲年暂时放过岳小姗，岳中盛死心塌地与他合作。岳小姗鄙视父亲，岳中盛不得已说出当年的“苦衷”。原来，岳中盛和怀孕的妻子同时被捕，妻子难产而死，正是为了女儿，岳中盛才叛变投敌。不过，岳中盛声称现在他悔恨不已，如今是迫于无奈与敌人周旋，并没有出卖同志，比如史秀英和刘啸尘……

　　岳小姗的失踪让史秀英万分焦急，这将危及刘啸尘的生命。史秀英亲自前往岳中盛家探明了情况，刘啸尘暂时是安全的。对情况出乎意料的顺利，两个人却心存怀疑。一切迹象无法排除刘啸尘就是卧底的嫌疑，为以防万一，张仲年命令逮捕刘啸尘。这一切，岳小姗并不知道，她心里只有悔恨，因为自己，刘啸尘时刻有生命的危险。她决定用生命去报答刘啸尘，这一天，岳小姗冲进了保密局，刺杀刘啸尘，刘啸尘中弹受伤，而岳小姗在一阵乱枪中壮烈牺牲。尽管如此，张仲年并没有完全相信刘啸尘。而刘啸尘心中充满了极度的痛苦。得知女儿的死讯，岳中盛几乎失去理智，悲痛欲绝。从程菲的口中，刘啸尘得知赵均让她窃取的“暗香浮动”2号档案并不是沪城破坏计划，那个赵均所说的背后的指使者是谁？对刘啸尘来说，这也是一个谜。经过艰苦努力，刘啸尘终获阿纪的信赖，得到了密码柜的密码，顺利拿到“暗香浮动”的档案交给史秀英。不料，史秀英当场打开，赫然发现“暗香浮动”档案根本不是什么沪城破坏计划，而是中共叛徒的自首材料，而其中的23号就是岳中盛的档案，显然，岳中盛看丢了一个‘3’。过去两人虽对岳中盛有所怀疑，现在真相毕露，还是惊呆了。

　　而岳中盛突然出现，枪口对准刘啸尘和史秀英，关键时刻，窗外人影一闪，随着一声枪响，将岳中盛击毙。史秀英告诉刘啸尘开枪的是自己的同志，和刘啸尘一样潜伏在保密局。情况紧急，史秀英命刘啸尘撤出保密局，刘啸尘却认为，我军已经兵临城下，必须尽快拿到沪城破坏计划，他甘愿冒生命危险回保密局，更何况他已经在档案室做了手脚。此时，保密局乱成一团。“暗香浮动”档案失窃，就在众人认定一定是刘啸尘所为的时候，刘啸尘从容现身，反令众人惶惑不解。这时，邢老三等人在密室找到刘啸尘事先栽赃杨玉林的证据，杨玉林有口难辩，欲逃，被邢老三开枪击毙。一番风波暂时平息，张仲年丝毫没有解除对刘啸尘的怀疑。炮声隆隆，解放军兵临城下。史秀英命刘啸尘尽一切努力拿到保密局的沪城破坏计划，保密局的另一位同志将配合他。在刘啸尘的说服下，程菲的立场开始动摇。 然而，形势突变，张仲年对程菲已不是百分百的信任，他假意派程菲前往沪城大桥接头，安排两人出逃香港的事宜，实际上是杀人灭口，同时也是启动沪城破坏计划的第一步。刘啸尘及时获得信息，救下程菲，说出真相。程菲如梦方醒，万念俱灭，将保险柜钥匙和密码交给了刘啸尘后，准备自杀身亡却被刘啸尘看穿心事，在刘啸尘的帮助下被送往解放区。

　　刘啸尘潜入保密局窃得沪城破坏计划。正将档案交给史秀英时，张仲年率邢老三等突然出现，张仲年得意地告诉他们，刘啸尘窃得的计划是假的，真正的档案在什么地方只有天知、地知、我知……话音未落，只听一个声音接着说：还有我！原来，张仲年最信任的人——邢老三就是另一位卧底保密局的中共特工。张仲年自知败局已定，垂死挣扎，双方激烈交火，张仲年等被一一击毙，而邢老三突然向自己胳膊开了一枪。原来，受上级指示，邢老三将继续卧底，跟随国民党前去台湾，他还要背着张仲年的尸体回保密局，继续战斗在敌人的心脏。沪城的天即将黎明。晨光中，三个人互道珍重，握手告别，踏上了新的征途……

　　以岳中盛为首的东江地下党决定除掉叛徒。

　　一次偶然的机会，张仲年发现岳中盛竟然是叛变过的中共地下党。张仲年喜出望外，拿出当年岳中盛的叛变书要挟。岳中盛屈服了。

　　这只是岳中盛的缓兵之计！

　　岳中盛秘密安排地下组织，借助一次舞会，在刘啸尘的配合下，顺利除掉了叛徒，而原想在舞会上捕杀地下党的张仲年不但一无所获，自己还险些被刺杀。

　　同时，岳中盛秘密安排手下窃取保密局东江破坏计划《暗香浮动》2号。

　　在屡次考验刘啸尘后，张仲年对刘啸尘的疑心不减，派自己的情人程菲对他密切监视。在保密局的监控下，地下组织联络极其艰难，一时间工作陷入困境。

　　张仲年不肯罢休，以岳中盛的女儿岳小姗做筹码，逼岳中盛配合捕获地下党。岳中盛只得应允，却阳奉阴为，设下圈套，张仲年不甘示弱，双方斗智斗勇，不分上下。

　　为了再次试探刘啸尘，张仲年派他和程菲前往学校调查学潮，岳中盛的侄女姜慧对刘啸尘一见衷情。此时，岳中盛正想方设法安排女儿逃离东江。

　　在岳中盛的指使下，冯宾屡次行刺张仲年，均无功而返，自己反被往日恋人程菲认出。两人相认后，程菲才明白，当年张仲年为了得到自己，对冯宾横加陷害的真相。

　　冯宾再次刺杀张仲年失败，身份却被张仲年识破。

　　程菲痛苦不已，决定帮助冯宾刺杀张仲年，然后二人逃走。

　　刘啸尘一直积极谋划窃取东江破坏计划，均告失败，刘啸尘心急如焚。

　　姜慧和岳小姗假意应允岳中盛离开东江，暗中却持枪突袭保密局，刺杀张仲年，幸得刘啸尘巧妙施救，几个人才脱离险境。为此，刘啸尘进一步激起保密局上下的怀疑，处境愈发艰难。

　　恼羞成怒的张仲年警告岳中盛管好自己的女儿，否则自己不客气。

　　姜慧和岳小姗双双离家，岳中盛被逼入绝境。而张仲年决定派刘啸尘狙击姜慧和岳小姗，一箭双雕。

　　为顾全大局，刘啸尘别无选择，开枪狙击岳小姗和姜慧。虽化解了自身危机，刘啸尘内心却痛苦不已。小姗和姜慧被事先准备好的党组织救走，小姗壮烈牺牲，姜慧却免于一死，子弹击中左心脏，而她的心脏异于常人，长在右边。

　　张仲年确信岳小姗和姜慧已死，而岳中盛终于松了口气。原来，姜慧才是他的真正的女儿，岳小姗不过是他侄女，岳中盛深谋远虑，多年前就将两人的身份互换了。

　　在冯宾的说服下，程菲偷出《暗香浮动》2号，与冯宾接头，却被张仲年率人包围，关键时刻，冯宾被刘啸尘巧妙解救。

　　张仲年告诉程菲，自己并未陷害冯宾，是冯宾在叛变后，将程菲做交易筹码，为了程菲，张仲年才饶过冯宾一命。证据确凿，程菲不得不信，几乎绝望。

　　冯宾逃过一劫，将岳中盛女儿未死的消息透露给张仲年手下杨玉林。张仲年大喜过望，事实证明，冯宾刺杀自己和窃取《暗香浮动》2正是受岳中盛的指使，而刘啸尘很可能在开枪前已经知道姜慧的心脏异于常人。

　　保密局展开全城搜捕，缉拿姜慧。

　　形势危急，无奈之下，姜慧被转移到刘啸尘的住处。通过史秀英，姜慧得知刘啸尘是在中共在保密局的卧底，并且为了自己险些付出生命。姜慧感动不已。

　　在张仲年的指示下，程菲并未放弃对刘啸尘的试探。刘啸尘一次次巧妙应对，化解程菲咄咄逼人的攻势。

　　张仲年再次找岳中盛摊牌，岳中盛穷于应付。从两人的对话中，偷偷回家的姜慧得知岳中盛竟然是自己的父亲，而且是个叛徒。张仲年决定暂时放过姜慧，目的是通过她控制岳中盛。

　　痛苦不堪的姜慧独闯保密局，打伤刘啸尘，在特务的枪下壮烈牺牲。原来，知道因自己危及刘啸尘的生命，姜慧决定舍身证实刘啸尘的‘清白’。姜慧的行为令张仲年对刘啸尘是否是卧底再次困惑。

　　女儿一死，岳中盛几乎崩溃，怀着对张仲年的仇恨，将别墅付之一炬，自己销声匿迹。

　　岳中盛派人绑架冯宾，为了共同的敌人——张仲年，岳中盛和冯宾达成和解。在岳中盛的密谋下，冯宾约来程菲，让她亲自打电话给张仲年当面对质，澄清自己是否叛变的真相。张仲年思虑再三后履约，双方激烈枪战，冯宾被当场击毙。

　　与此同时，刘啸尘设法接近机要员阿纪套出钥匙和密码，顺利窃取《暗香浮动》所有档案。刘啸尘和史秀英发现《暗香浮动》所有档案并非如岳中盛所言的是东江破坏计划，而是中共叛徒的档案。两人开始怀疑岳中盛！

　　档案失窃，所有的疑点都集中在刘啸尘身上。

　　中国人民解放军兵临城下，张仲年下令准备摧毁东江市所有重要设施，形势危急，刘啸尘临危受命，必须在极短时间内获得东江破坏计划。

　　至此，保密局与中共特科的真正决战才拉开了序幕----。