战国时代，普通忍者平时都要像农民一样耕种田地，乱太郎就出生在这样的三流忍者家庭，为了不辜负父母亲的期待，他为成为出色的忍者进入培养一流忍者的忍术学园学习。乱太郎进入的班级里，大家都很精神、很开朗，他和富商家的孩子新兵卫以及因战乱失去双亲的桐丸成了好朋友。忍术学园里以从小就被称为忍术天才的园长为首，老师们都是一流忍者，不过又都有些怪异，所以每天都非常热闹。虽然学园生活很开心，可乱太郎他们三人组总是不断地补习、补考，一次又一次失败。一天，四年级学生齐藤鹰丸家里出现了两个刺客，其实齐藤幸隆和鹰丸父子是脱离组织的逃亡忍者，原来的忍者组织要杀他们，于是长老提议学校小忍者与忍者组织决斗，如果学校方面赢了就放过他们父子，于是乱太郎他们为了帮助朋友一起行动起来。