北宋初年，福建东海一带经常闹海灾，渔民伤亡惨重。此事经赤脚大仙奏明玉帝，申请加封一位海神，统管海上救生诸事宜。在王母娘娘的支持下，赤脚大仙于泉州莆田湄洲岛发现了侠义、善良有德行的林愿，并请观音菩萨赐林妻怀孕，十四个月后产下一女孩，取名默娘。此女出生后聪明无比，更揣善良济世之心。菩萨和大仙甚喜，相约暗地收她为徒，逐渐教她医术、预测、观天象等法力，以便将来能承担海神之重任。

海面上的诸多灾难均与东海龙宫二王子睚眦有关。睚眦是个穷凶极恶的家伙，他偷炼乾坤大法，企图称霸东海，不想造成昏迷现出原形，被渔民捕获。幸亏少年默娘心怀仁慈之心，缠着哥哥把睚眦赎下放生，睚眦得救后，不思报答，反而煞费苦心迫害渔民以图报复，他手下的海妖晏公百般拢民，林愿只好求知县江施旗请玄通道长降妖。不想玄通修行过浅，反被晏公逃脱，江施旗的儿子也被晏公报复，成为瘸子。

东海龙王敖广年老体弱，病魔缠身，在妃子的蛊惑下，他渐生退隐之心，然而在二子睚眦和四子狴犴中举棋不定。睚眦得知，决定除掉心地善良的竞争对手四弟狴犴。可狴犴有法力超群的龟将军护卫，欲除狴犴就必须先杀龟将军。睚眦便率亲信围杀龟将军，龟将军仓皇败走东海，下落不明。

默娘得到赤脚大仙赠送的铜符，日夜苦读，渐入佳境，只觉全身灵性依附，法力涌动。观音菩萨也送给她一对赋有法力的银手镯，此二宝成了她的随身法器。后来，每逢海上有人遇险，默娘的脑际就有红光缭绕，于是，她的元神便飞向事发海域，护船救人。默娘看天气十分灵验，深得邻居信任，可就在此时，海妖突然报复，默娘的哥哥和胡子贵家的两个儿子均死于海难中。胡子贵等把儿子的死亡归罪到默娘身上。默娘从哥哥的死亡中，感觉本岛必须有医生，她向父亲借钱，准备行医，最终感动了父母，并支持她的事业。

邻岛出现瘟疫，渔女桂花全家死于船上。村民恐惧于瘟疫的传染，在胡子贵的倡议下，要把桂花活焚以绝传染源。而默娘善良正义的母亲王氏毅然挺身而出，保护了桂花。默娘决意去魔岛取海妖看护下圣水，结果与海妖周旋耽误了时机，桂花得救，王氏终因染病太深而死。默娘将圣水遍施诸岛，救活了四周的渔民。

在一次与海妖周旋中，默娘救下了官船，为首的统帅为朝廷使臣吴宗伦。吴宗伦事后登门致谢，两人相谈甚欢，默娘经吴宗伦点拨，知道了许多外面的大事。两个年轻人的交往惹起了默娘青梅竹马伙伴杨生全的妒忌，杨一直单相思，恋着默娘，而默娘一心救人济世，从未想过自己的终身大事。

盘踞在黑甲岛上的海盗抢货劫财，林愿面见泉州知府江施旗，求他派兵剿灭海盗。与海盗暗有勾结的江施旗拒不出兵，还假说运送军械，请默娘护航，默娘欣然应允。默娘斗败海妖，将船只平安运抵码头，竟然发现满船是粮食，原来江贼借机囤积粮米要发匪难财。默娘大怒，带领百姓把粮食抢分。江施旗恼羞成怒，设计把默娘桂花投入监狱，要判死刑，期间是想逼默娘嫁给他的儿子江小凡。为了救妹妹，五姐林妙珠答应嫁给江小凡。

妙珠出嫁后，知道丈夫江小凡非但是个瘸子，并且性格变态，经常打骂她。妙珠从公爹嘴里得行，江小凡的腿原来是她父亲惹的祸根，出于对江家的内疚，她逆来顺受，希望能以真情感化丈夫，从而获得一份真正的生活。

睚眦的篡位欲望不断升级，最后把亲兄弟狴犴围困在无名岛上，杀掉并埋葬于乱石下。高手对决引起巨大海难，默娘参加许茂盛的婚礼喝醉了，虽然飞去海上出事现场，然而，功力不足，眼看杨生全葬身海底。她带着杨生全的父母找回杨生全的尸体，幸运的是，杨生全竟又奇迹般地活了过来。杨生全死里逃生，却因受刺激而大脑失去了记忆。这让默娘和杨家夫妻百般无奈。

狴犴死后，龙王悲痛加戒备，只字不提退隐之意。睚眦设法借龙王之名加害人类，死的人越多，人类就越恨龙王，迟早有一天惊动天廷，玉皇大帝定将龙王废除，在东海重封新主，凭睚眦的势力自然是不二之选。于是，他对亲信下令展开杀人行动。一次与海妖搏斗时，功力尚浅的默娘在与海妖打斗时受重伤。

曾做过都巡检的林愿组织数百村民讨伐海盗，但遇上海盗二寨主毒爪王，抓伤林愿及多名村民。面对伤病，默娘束手无策，因为这种毒只有长在深海之底的散毒草才能根治。杨生全见到“毒爪王”留下的独特伤口，大惊失色。他转身离去，不多时，采来散毒草救了受伤的村民。默娘十分纳闷，杨生全怎能迅速从深海采来奇药？结合杨生全的种种怪异表现，默娘怀疑此杨生全已不是彼杨生全。

水怪晏公袭击胡三媳妇和她五岁的儿子，为默娘救下。胡三媳妇感念林姑娘大恩，要为默娘建生祠，此举得到乡亲们的赞同。吝啬、自私成性的胡子贵也转变了态度，将当年林洪毅赎怪鱼的银锁送还默娘的嫂子。

默娘独闯黑甲岛，直捣海盗巢穴。毒爪王将默娘击败，并点她的穴道。紧要时杨生全一路杀来。现出东海四王子狴犴的形象。原来毒爪王是龟将军，面对新旧主人，他终于规劝浪里飞投降。浪里飞见势不妙，使出暗器击倒龟将军，并趁机从暗道逃脱。

在狴犴和三寨主周树立的协助下，默娘将海盗解散，鼓励他们回乡做安分守己的平民。清理财物时，发现海盗集团历年向知府江施旗行贿的账册，后来，默娘将账册交给了吴宗伦，吴宗伦十分震惊，火速进京，将账册托人转送朝廷。

狴犴隐瞒不住，遂向默娘道出真情，他为避兄弟自相残杀的结局，只能借杨生全的身份偷生。如回去，必死在睚眦之手，因此不知何从。假杨生全的父母得知所谓的儿子竟是东海的四王子，对他高贵的身份、超群的法力敬畏有加，再也无法把他当儿子对待，而是毕恭毕敬地当祖宗供着。假杨生全觉得在杨家不仅不能为再生爹娘尽孝，反倒给他们添了负担和压力，不久，他留下书信一封，不辞而别。

默娘的婚事成了全家的心病，倾心者不断慕名前来。默娘立志终生不嫁做个像观音菩萨那样救苦救难的圣者。已辞官回到莆田县的吴宗伦毅然向默娘求婚，保证默娘可以婚而不嫁，只做他名义上的妻子，同房不同床，以保全她的圣洁之躯，同时可消除默娘来自家庭、外界的压力和没休没止的求婚烦恼。默娘甚是感动，很快答应与吴宗伦成婚。

睚眦及手下制造了数起海难之后，觉得小打小闹地杀人，不足以引起天廷震怒而降罪龙王。为尽快夺取东海王位，他又施新的毒计，向龙王假表孝心，说他想在无名岛上为父王建一座陆地行宫，有利父王龙体安康，不明真相的龙王欣然接受。睚眦率亲信从海上强掠大批渔民到无名岛上修建行宫，待行宫修好后再将所有修建者葬身鱼腹。然后他向天廷告密，将此罪嫁祸龙王，而届时他会因告密有功顺理成章被立为东海新主。随即，他命令海妖嘉应、嘉佑率一批虾兵蟹将负责工程修建事宜，其余手下随他去海上掠人。

许多渔民出海后失踪，默娘便假扮男子，故意被掠到无名岛，强迫做劳役。她发现工地有上万民夫，也见到了许茂盛、胡三等邻居和海盗寨主浪里飞。浪里飞此时已被嘉应、嘉佑任命为监工。默娘嘱咐乡亲们耐心等待，她会想办法救他们回去。

默娘深感这种假夫妻有误于吴宗伦，便有意撮合吴娶桂花为二房。但吴宗伦心中只有默娘，于是百般推诿，甚至编出假生辰八字以断桂花的心思。他的高尚品行让默娘既感动又愧疚。

吴宗伦把匪岛的证据交给朝廷，皇上降旨，将江施旗收监问斩，命吴宗伦为泉州知府。此时，敌兵大举侵我边境，皇上命徐大人率兵征讨。睚眦获得消息，乘龙王不在时，调集重兵进行袭击。默娘得信息后立即飞到海面救险，半路遇上晏公祸害渔民，默娘打败晏公，对方却死死拖住她不放，并告诉她，如果救人，会有凶险。默娘哪里会信，将晏公打倒在地，毅然赶赴出事海面。经过一番苦斗，默娘救下官船，但在海滩上又遭遇睚眦及其爪牙的围攻，终因寡不敌众，默娘倒在沙滩上。待菩萨和大仙赶到时，她已没了呼吸……菩萨和大仙封住默娘的魂魄，然后由大仙去玉帝面前为她申请海神封号，却遭到四海龙王联手反对。默娘的死讯传来，惊动了四面八方信众，纷纷出资为她建庙，香火直冲九天，感动玉皇大帝和王母娘娘，终于同意加封默娘为海神，封号妈祖。

默娘成为海神后，更加勤恳为民造福，她先后收伏高里鬼、晏公、甚至还有外国的莫尔斯等海妖、鬼怪，教化他们改恶从善，将来成为她水阙仙班的成员，协助她保障海上平安。在妈祖的感召下，这些恶神们大有改观，逐渐洗心革面，成为妈祖的臂膀。此时才知道，江小凡乃是水怪晏公所化，杀死江小凡所化，他偕妙珠带孩子去监狱探望江施旗，并认江为父亲。江在一番忏悔后死在狱中。

妈祖成为海神后，与吴宗伦联系频繁，人间仙境相互携手，为民造福。时遇家乡一带大旱成灾，妈祖亲自向雨神求雨，没想到，雨神一向自以为是惯了，居然戏弄妈祖，承诺时刻并不降雨。妈祖靠自己的智慧，在玉帝面前力陈，逼迫雨神为家乡解了干旱之苦，又改匪岛为开垦区，安置外乡流入灾民，并亲种蔬菜以解灾民燃眉之急，留下了菜子屿的名称和一段佳话。

妈祖屡派部下深入无名岛，摸清睚眦一伙建行宫的阴谋，并靠王母的留音石取得证据。睚眦一伙到底侦知了狴犴出家为僧的行踪，为斩草除根，他率领部下追杀同胞兄弟，妈祖再次赶到，危急中救下了狴犴。狴犴表示不再回龙宫，他要追随妈祖做一番事业。睚眦为防无名岛工程泄密，唆使力大无穷的六弟将台湾岛背到远离大陆之处，吴宗伦和妈祖合力打造了天钉，把宝岛牢牢拴住。敌军被吴宗伦大军逼退到顺风岛上，借火炮反击，使我军陷入劣势。关键时刻，妈祖出现在敌军阵前，以大仁大德之辞斥退敌将军，率兵退出侵占我国岛屿，而吴宗伦在抗击入侵敌兵时，奋勇杀敌，最后中敌箭壮烈牺牲。

睚眦在无名岛行宫竣工之夜，指使部下将民夫全部沉海，事情泄露后，又指使帮凶在海面沉船，民夫纷纷落水，妈祖一方面率众搭救，同时回到娘家，说服父亲与嫂子，把房屋点燃，以灯塔的作用给落水的难民指引方向。林家的大义之举感动了乡亲们，大家纷纷出力，帮助林家重建家园。

妈祖将睚眦侵等人的罪行向玉帝禀报，让恶人受到了应有的惩罚。在人证物证面前，睚眦一伙均无可抵赖，受到了天律的严惩。妈祖的水阙仙班得以顺利组建，她继续带领部属们，巡逻在辽阔的海面上。

吴宗伦被封为抗敌英雄，妈祖也屡朝受封，她的事迹传遍世界。