《庚子风云》讲述的是公元1900年及中国历庚子年，八国联军攻占北京，并占领紫禁城，皇太后慈禧为避祸携光绪帝、大阿哥等人仓惶逃离皇宫，来到西安，最后又安全回宫的故事。

　　慈禧太后临行前，由于政治立场不同的仇恨，将光绪皇帝深爱的妃子珍妃推入井中杀害。而当太后历尽千难万险来到古都西安时，却发现当地戏班的花魁白牡丹竟和珍妃长得一模一样！而这位本名斯琴的白牡丹却与在慈禧太后等人逃难至西安这条西行路上，给予了他们莫大帮助的一位从欧洲留洋五年回国的爱国青年陈然有着夙世姻缘，同时她也和陕西巡抚韩雨轩同样有着千丝万缕的关系。

　　太后在经历了饥寒交迫、土匪掠夺等种种困难，来到西安之后，她所要做的第一件事就是拔除西安旧有势力，由她取而代之，她才能够借此谋图东山再起，重回北京。所以她最大的敌人就是陕西巡抚、西安当地最高行政长官――韩雨轩！

　　而这位巡抚的情敌陈然，他的父亲是西安首富陈家乐。陈家乐和韩雨轩是世交，他为韩雨轩鞍前马后为虎作伥二十多年，在韩雨轩的庇佑下，他成了西安第一富豪；同时又在他的帮助下，韩雨轩以权谋私，贪赃枉法，也依旧高枕无忧步步高升。

　　但是，使两家世交的关系出现第一道裂痕就是陈家乐的大儿子陈然爱上了同样被韩雨轩一见钟情的戏班花旦斯琴。陈然要将斯琴娶回陈家，而作为陈家乐，无论如何也不能允许一个戏子堂而皇之的成为他嫡传长子的妻子。而韩雨轩，更不能眼睁睁地看着心爱的女人和另一个青年才俊双宿双飞。

　　于是，陈家乐和韩雨轩设计以一连串的阴谋造成了陈然与斯琴深深得误会--陈然将斯琴看作一个贪财、势力的女人，而痛心的离开了西安，远渡欧洲留学；同时，斯琴以为陈然嫌弃她戏子的出身，而将她抛弃，从此埋头于秦腔艺术，终于成为西安秦腔界的第一花魁白牡丹！

　　而陈然在离去时，并不知情的一件事是他和斯琴唯一的一次纵情已蓝田种玉，在他离去后不久，斯琴便产下了麟儿，取名为陈鹏。但这个可怜的孩子在三岁的时候，被韩雨轩暗中指使歹徒抢走，当时疯狂寻找孩子的斯琴在乱坟岗上拾到了孩子的一只小鞋，使她认为孩子八成已被人害死，但由于没有见到孩子的尸首，她又总存着一丝希望，就是她和陈然的这个爱情结晶或许尚在人世。

　　慈禧太后来到西安，使得韩雨轩感到了危机日益临近，为了和陈家乐达到共同进退，荣辱与共，他将自己唯一的女儿许配给了陈家乐的二公子陈骏。而这位韩家大小姐韩素云是一个天不怕地不怕，十分泼辣任性的女孩。同时，那位陈家二公子陈骏，却是一个吃喝嫖赌，无所不为的纨绔子弟！素云这个大胆、热情、而追求自由的新女性，绝不能容忍自己嫁了像陈骏这样不求上进，人称“西安第一刁民”的男人做丈夫。而种种机缘巧合之下，她深深的爱上了陈骏的哥哥陈然。

　　而表面上如此玩世不恭的陈骏，实际的身份是一名复兴党的成员，是陕西地区的最高指挥官，他的目的就是要帮助充满维新思想的光绪皇帝建立一个君主立宪制的国家，以谋求当时半殖民地半封建社会的中国，能够脱离亡国的厄运。而这个革命组织其他的成员，分布在西安的各个行业中。由于复兴党的存在严重地威胁着慈禧太后把持的政权，因此，引起了慈禧深重的仇恨。为了躲避朝廷的耳目，这些成员们每一个都将身份隐藏的十分巧妙。他们除了表面上不学无术的陈骏外，还有三秦班的班主董曼丽，妓院满情楼的头牌金暖暖，甚至从北京一路追踪而来，表面上贪得无厌的摄影师贾午等人。

　　做为复兴党陕西地区的首领，陈骏只能以“刁民”的面目出现，可是在内心深处，他早就深深地爱上了热情奔放的韩素云，但是他也明白，韩素云是无论如何也不会爱上他呈于人前的那副模样，而只能眼睁睁地看着韩素云爱上自己同父异母的亲兄弟陈然，这给陈骏带来了巨大的痛苦和挣扎。

　　在陈、韩两家，两代人错综复杂的恩怨纠葛展开的同时，宫廷里也是派系诸多，相互倾轧。首先，慈禧太后与自己的养子也就是自己妹妹的儿子，光绪皇帝之间，有着无法调和的恩怨。首当其冲的便是维新变法之后，光绪皇帝所倡导的维新变法由于过于激进，引起了朝廷中顽固老臣的激烈反对，同时又严重威胁到慈禧太后的政权，而不过实行了仅仅一百天，便被慈禧所扼杀，这便是中国历史上有名的“百日维新”。慈禧将皇帝囚禁起来，将支持他政治抱负的珍妃打入冷宫，帝妃二人，凄苦度日整整两年，直到庚子年太后仓惶出逃时，害怕光绪帝得到洋人的拥护，而强行带走皇帝，同时将美丽聪慧、才华横溢的珍妃杀害。

　　而光绪皇帝与慈禧之间的深刻矛盾，也促使慈禧做好了另立新帝的打算，因此，她将光绪堂兄载漪的儿子溥儁立为大阿哥，准备随时取代光绪。这个荒淫无度，贪婪愚蠢的大阿哥同他的父亲载漪，当然也在做着他们的皇帝梦。为了早一日登上皇位，父子俩也使出了种种阴谋诡计，加深慈禧与光绪之间的矛盾。

　　而一次偶然的相遇，光绪皇帝看到了三秦班的白牡丹。这位和他朝思暮想的珍妃相貌一模一样的女子，在性格上比珍妃更坚定，更有原则，这让他眼前一亮，似乎燃起了生活重新的希望……

　　就这样，宫廷间的阴谋、倾轧；陈、韩两家错综复杂的恩怨纠葛；慈禧太后与西安旧有势力之间的一次次较量；革命党人为营救光绪，达到救国理想而与满清政府的几番斗智斗勇……