明末崇祯六年，国势积弱多年，天灾频繁，流寇四起，崇祯帝(崇祯)虽欲励精图治，但因饱受沉重压力，并生性猜疑，用人不当，国势日益衰弱。犹幸身边有一位母仪天下的周皇后(周后)相扶。长平公主(长平)乃是崇祯与周后所生之爱女，十年来过着温室般的无忧生活。吏部尚书周兴之子周世显(世显)那不拘一格、风趣俏皮的举动，跟皇宫里事事讲求礼节的严格要求截然不同，使世显深受皇子公主欢迎。生性自私的昭仁公主(昭仁)尤其更甚。但世显却被不单外表俏丽，并且内心善良的长平所吸引。长平与世显青梅竹马，两小无猜。

　　世显多方讨好长平，更替长平顶罪受罚，长平被他的真诚所动。二人常在宫中结伴游玩，一起种下连理树，渐渐产生微妙的感情。在连理树下，两人有过永世不能忘怀的浪漫一刻。

　　一天，宫中起了巨变，长平、世显听闻陈妃被赐死。接下来，周后亦被诬告毒杀田贵妃(田妃)初生皇子。其实，一切都是由田妃策划。周后被罚与长平、昭仁出宫。母女三人改名流落民间。世显自此失去长平消息。时世显已经家道中落，周兴及母亲周梁氏(梁氏)深知为官之祸，一直不让世显入仕途。世显进了铸炮坊担任主簿之职。长平与世显重遇，两人生出了爱意，但世显与李建泰(建泰)千金李玉娴(玉娴)早定婚盟，圣卿更是世显多年的深交，使他们陷入这无奈的四角关系。及后，皇太后(太后)查知当年田妃初生皇子夭折真相，派人到民间重召周后三母女回宫。长平、世显二人再度分离。

　　周后三母女回宫后，长平初受崇祯的贴身太监王承恩(承恩)所针对，但承恩最终亦被长平的真诚感动。昭仁因见田妃在宫中势大，竟认贼作母。时崇祯赏识世显才华，召入宫任教。长平、世显宫中再度相逢，情愫渐浓。可是，此时师生有别，两人只好发展地下情，暗地里互送情书。

　　这时，崇祯要把长平许配予手握重兵的汤宝伦(宝伦)。长平极力反对，世显心感失落，但长平对世显表白，心里只有他一人，使世显对长平的爱更坚定。长平感动了太后，肯让长平凤台选婿。这样做是为世显制造机会。正当长平、世显以为障碍已破之际，奸臣又荐世显送粮饷上战场。田妃欲把世显置之死地，向崇祯提议要世显追击敌军。世显心知今回必死无疑，决定与长平解除婚约，但长平不肯放弃，派人三度送上婚书，终感动世显。长平到战地找不到世显，只拾得那件被炮火烧烂了的驸马袍。长平以为世显已死，哭得伤心欲绝。长平回宫之时巧遇世显，二人恍如隔世。但是，世显自觉已如同废人，难以配长平，刻意避见长平，使她心伤不已。

　　李自成攻陷京城，圆圆被自成所占，三桂“冲冠一怒为红颜”引清兵入关。李自成当不到一个月皇帝，弃城逃亡。顺治入京称帝，是为清。在扬州的维摩庵，世显终遇见长平，虽然长平坚决不肯相认，最后却被世显真情所感动，二人历劫相逢，更珍惜对方。清朝廷为抚民心，赐长平、世显结合。长平、世显想到“葬先帝，释太子”之责任，答应完婚。长平、世显被送返北京，顺治为了表示自己对降臣宽厚，以达怀柔之效，为他们安排一个隆重的婚礼。长平、世显在花烛之夜，夫妇双双在含樟树下，仰药殉国。顺治并不发丧，命人将世显和长平的棺木沉入江底，好让这对历劫鸳鸯长享安息。